Томская область – один из наиболее залесенных районов России. Леса занимают почти 60% территории. Наиболее распространены светлохвойные сосновые леса. Темнохвойные леса (тайгу) составляют сосна сибирская – кедр, пихта, ель. Основные массивы темнохвойных леснов сосредоточены на приподнятых, хорошо дренируемых участках,они чередуются с березово-осиновыми лесами. Лиственные леса занимают 47% площади, покрытой лесом. Это связано с особенностями восстановления тайги после пожаров – оно всегда проходит через стадию вторичных осиново-березовых лесов.
Специфической особенностью растительного покрова области является развитие болот и заболоченных территорий. Васюганское болото– вероятно самое большое болото в мире, 80% которого расположено на территории Томской области. Среди древесных видов следует выделить березу пушистую и сосну обыкновенную в угнетенном состоянии. В изобилии можно встретить багульник болотный, подбел обыкновенный, мирт болотный. Болота богаты ягодам (брусника, голубика, морошка, черника, клюква).